UIN Saizu Purwokerto didirikan dengan tujuan untuk memadukan antara ilmu agama dan ilmu pengetahuan umum dalam pendidikan tinggi. Sebelum menjadi UIN, universitas ini awalnya merupakan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Purwokerto yang didirikan pada tahun 1965. Seiring dengan perkembangan zaman dan kebutuhan akan pendidikan Islam yang lebih komprehensif, IAIN Purwokerto akhirnya bertransformasi menjadi UIN pada tahun 2014, yang mencerminkan integrasi antara ilmu agama dan sains dalam kurikulum pendidikan.

Program Studi Doktor (S3) dalam Studi Islam di UIN Saizu Purwokerto dimulai pada sekitar tahun 2014, bersamaan dengan perubahan status IAIN menjadi UIN. Program ini dirancang untuk memenuhi kebutuhan akademik yang semakin berkembang dalam kajian keilmuan Islam, baik dalam konteks tradisional maupun modern. Prodi ini menjadi salah satu upaya dari UIN Saizu Purwokerto untuk memperkuat posisi universitas dalam dunia pendidikan tinggi Islam di Indonesia, dengan fokus pada penelitian yang berorientasi pada pengembangan intelektual dan pemecahan masalah kontemporer di dunia Islam.